Bonjour,
Je souhaiterais pouvoir utiliser le programme IndVal (Dufrene & Legendre, 1997. Ecol. Monogr., 67, 3 : 345-366), après une classification de 126 relevés et 64 espèces issue du module clusters (option 4 - CAH méth de Ward sur le fichier ---.cpli issu d'une ACP sur le log des effectifs capturés).
Pour passer d'un fichier de sortie de clusters à un fichier de groupes utilisable par IndVal, i.e. un fichier comportant 126 lignes et autant de colonnes que de niveaux hiérarchiques retenus, j'utilise "Clusters:Prepare convex hulls" pour obtenir un fichier -dend
J'ai eu cependant la surprise en demandant 7 niveaux d'obtenir un niveau 7 identique au niveau 6
si je demande 8 niveaux, le 8 est différent mais le 6 et le 7 sont identiques. Comment cela s'explique-t-il ?
Voici le listing obtenu par "ReadCateg" sur le fichier -dend :
>*---------------------------------------------------------*
>| ADE-4 * Metrowerks CodeWarrior C * CNRS-Lyon1 * JT & DC |
>| CategVar: Read Categ File 02/07/98 17/15 |
>*---------------------------------------------------------*
>************************************
>* Description of a coding matrix *
>************************************
>Categorical variables: file LogEffcap-cpli-dend2
>Rows: 126, Variables: 7, Categories: 27, Missing data: 0
>
>Description of categories:
>----------------------------------------------
>Variable number 1 has 1 categories
>----------------------------------------------
>[ 1]Category: 1 Num: 126 Freq.: 1
>
>Variable number 2 has 2 categories
......
>Variable number 6 has 6 categories
>----------------------------------------------
>[ 16]Category: 1 Num: 26 Freq.: 0.206
>[ 17]Category: 2 Num: 13 Freq.: 0.103
>[ 18]Category: 3 Num: 20 Freq.: 0.159
>[ 19]Category: 4 Num: 39 Freq.: 0.31
>[ 20]Category: 5 Num: 9 Freq.: 0.0714
>[ 21]Category: 6 Num: 19 Freq.: 0.151
>
>Variable number 7 has 6 categories
>----------------------------------------------
>[ 22]Category: 1 Num: 26 Freq.: 0.206
>[ 23]Category: 2 Num: 13 Freq.: 0.103
>[ 24]Category: 3 Num: 20 Freq.: 0.159
>[ 25]Category: 4 Num: 39 Freq.: 0.31
>[ 26]Category: 5 Num: 9 Freq.: 0.0714
>[ 27]Category: 6 Num: 19 Freq.: 0.151
>
>----------------------------------------------
.......
>************************************
>* Description of a coding matrix *
>************************************
>Categorical variables: file LogEffcap-cpli-dend3
>Rows: 126, Variables: 8, Categories: 35, Missing data: 0
>
>Description of categories:
......
>Variable number 6 has 6 categories
>----------------------------------------------
>[ 16]Category: 1 Num: 26 Freq.: 0.206
>[ 17]Category: 2 Num: 13 Freq.: 0.103
>[ 18]Category: 3 Num: 20 Freq.: 0.159
>[ 19]Category: 4 Num: 39 Freq.: 0.31
>[ 20]Category: 5 Num: 9 Freq.: 0.0714
>[ 21]Category: 6 Num: 19 Freq.: 0.151
>
>Variable number 7 has 6 categories
>----------------------------------------------
>[ 22]Category: 1 Num: 26 Freq.: 0.206
>[ 23]Category: 2 Num: 13 Freq.: 0.103
>[ 24]Category: 3 Num: 20 Freq.: 0.159
>[ 25]Category: 4 Num: 39 Freq.: 0.31
>[ 26]Category: 5 Num: 9 Freq.: 0.0714
>[ 27]Category: 6 Num: 19 Freq.: 0.151
>
>Variable number 8 has 8 categories
>----------------------------------------------
>[ 28]Category: 1 Num: 8 Freq.: 0.0635
>[ 29]Category: 2 Num: 13 Freq.: 0.103
>[ 30]Category: 3 Num: 20 Freq.: 0.159
>[ 31]Category: 4 Num: 18 Freq.: 0.143
>[ 32]Category: 5 Num: 28 Freq.: 0.222
>[ 33]Category: 6 Num: 9 Freq.: 0.0714
>[ 34]Category: 7 Num: 19 Freq.: 0.151
>[ 35]Category: 8 Num: 11 Freq.: 0.0873
Pour essayer de comprendre, j'ai voulu utiliser le fichier AVFau de la pile data. J'ai utilisé "Clusters:Comp distances" (distance du Khi2) puis "Compute hierarchy" (option 4, Ward), j'ai obtenu un fichier AVFau.2dha sur lequel j'ai appliqué "Prepare convex Hulls" en demandant 5 niveaux et là j'ai obtenu un fichier -dend sur lequel apparaissent des valeurs curieuses :
1.0000 1.0000 2.0000 2.0000 2.0000
1.0000 1.0000 2.0000 2.0000 2.0000
1.0000 1.0000 2.0000 2.0000 2.0000
1.0000 193.0000 193.0000 193.0000 193.0000
1.0000 1.0000 2.0000 2.0000 2.0000
1.0000 193.0000 193.0000 193.0000 193.0000
1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
1.0000 1.0000 2.0000 2.0000 3.0000
1.0000 1.0000 2.0000 2.0000 3.0000
1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
1.0000 193.0000 193.0000 193.0000 193.0000
1.0000 193.0000 193.0000 193.0000 193.0000
Dans ces cas là, Lénine demandait "Que faire ?", moi aussi !
Désolé pour ce très long message, merci encore de me tirer d'embarras. Et en espérant ne pas refaire pleurer Daniel :-)
Luis Tito
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