Re: Distance entre 2 matrices de distances

From: Daniel Chessel (chessel@biomserv.univ-lyon1.fr)
Date: Mon Jun 29 1998 - 13:59:41 MET DST


La question d'Eric a une solution unique :

1) Dupliquer la matrice D1 dans un fichier Fic1
TextToBin: Changing row & col numbers sur Fic1 pour en faire un fichier à
64*64 lignes et 1 colonne (la matrice est écrite sur une colonne ligne par
ligne)
2) Dupliquer la matrice D2 dans un fichier Fic2
TextToBin: Changing row & col numbers sur Fic2 pour en faire un fichier à
64*64 lignes et 1 colonnes
3) Faire la régression simple de Fic2 sur Fic1 par
OrthoVar: Initialize
OrthoVar: Modelling
4) Refaire sur le fichier de sortie Ficout l'opération inverse dans
Changing row & col numbers (repasser à 64 lignes et 64 colonnes)

Le fichier de sortie contient a*D1 telle que la somme des carrés des écarts
||a*D1-D2||2 soit minimum.

Ce n'est pas élégant mais ça marche

>Et maintenant une question statistique :
>
>J'ai deux matrices de distances sur une population de 64 individus :
>D1(64,64) et D2(64,64) (ces deux matrices sont carrees, symetriques à
>diagonale nulle).
>Je voudrais estimer l'ecart entre ces deux matrices de distances. Cet
>ecart ne doit tenir compte que de la structure de la population et non
>de la taille, ainsi si D1 et D2 contiennent les memes distances
>exprimees avec deux unites differentes, leur ecart doit neanmoins etre
>nul. Un indice direct pour mesurer cet ecart pourrait etre la somme sur
>toutes les cases des tableaux des differences entre les distances.
>Cependant, il faut avant tout normaliser les matrices de distances pour
>justement eliminer l'effet taille evoque precedemment.
>
>Ma question est donc la suivante :
>
>Si on considere que la matrice D1 est fixee, on peut multiplier toutes
>les valeurs de la matrice D2 par une constante a. L'ecart (mesuree par
>la somme des carres des differences, par exemple) entre D1 et D2 va bien
>evidemment dependre de a, et je suppose qu'il existe une valeur de a
>pour laquelle cet ecart est minimal. Y a t-il un moyen de calculer
>cette valeur de a ? Ya t-il des references concernant les distances
>entre matrices de distances ? ADE fournit-il des outils susceptibles de
>m'aider ?
>
>Merci d'avance pour vos reponses

Daniel Chessel
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Universite Lyon 1 - Bat 401C - 69622 Villeurbanne CEDEX - France
Tel : 04 72 44 82 77 Fax : 04 72 43 11 41
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